Trong quá trình vận hành vườn ươm cây bất kỳ đều đòi hỏi phải làm đất. Đây là một bước nhỏ trong cả quy trình làm vườn ươm nhưng lại là một bước quan trọng. Quá trình làm đất nhằm đáp ứng một số mục đích sau:
- Cải thiện tính chất của đất.
- Tạo điều kiện cho vi sinh vật hoạt động mạnh làm tăng độ phì cho đất.
- Hạn chế sự phát triển của cỏ dại và sâu bệnh hại.
- Tạo điều kiện cho cây con sinh trưởng và phát triển tốt hơn.
Đối với môi trường thực địa FFS-HEPA, quá trình này được tiến hành dựa vào kiến thức bản địa của người nông dân kết hợp với kiến thức khoa học trong kỹ thuật vườn ươm. Phương pháp làm hoàn toàn thủ công, không tác động mạnh tới đất làm tổn hại đến các vi sinh vật sinh tồn trong đất.